Um empenho pode ter mais de uma fonte de recurso (Arquivo dos Empenhos do Mês-EMP)?

Sim, desde que a dotação para o respectivo elemento de despesa possua mais de uma fonte de recurso. Nesse caso, basta preencher  o Registro 11  - Detalhamento dos Empenhos do mês por Fonte de Recurso do arquivo EMP mais de uma vez. 

Ressalta-se que o somatório das fontes do empenho no registro 11 deverá ser igual o valor do empenho no registro 10, sob pena de erro na recepção dos arquivos eletrônicos pelo analisador web.